専用運搬船は、安全に航行するため、複数の航海用レーダーをはじめ衝突・座礁などの事故を未然に防止するための自動衝突予防援助装置や音響測深機など最新鋭の安全航行設備を備えるとともに、万一の電力喪失時に備えて予備の発電装置も設置しています。

また、構造設備上の安全対策に加え、入出港に際しては水先案内人の乗船、タグボートを配備しており、専用運搬船の乗組員には十分な教育・訓練を実施しています。

輸送容器は、不燃性のものですが、万一の火災に備えて、専用運搬船の広範囲に消火設備を備えています。更に船倉内には、船倉に水を張ることが出来る非常用漲水（ちょうすい）装置も備えています。

専用運搬船の船倉は、厚い鋼板やコンクリート等でしっかりと囲み、放射線を十分に遮へいする構造としています。また、海上輸送にあたっては、放射線管理の専門技術者を乗船させ、輸送中の放射線をしっかり監視しています。